對于冷凍干燥來說也有缺點和難點，如冷凍干燥過程耗時長、耗能多。冷凍干燥過程對凍干藥品和食品的質(zhì)量有著決定性的影響。冷凍干燥過程包括預(yù)冷、一次干燥、二次干燥和儲存階段等，都是相當(dāng)復(fù)雜傳熱傳質(zhì)過程；而且這些過程與藥品、食品、賦形劑、低溫保護劑的熱物性有密切的關(guān)系。因此必須弄清楚影響冷凍干燥過程中傳熱傳質(zhì)的因素，測定有關(guān)材料的熱物性，才能制定可靠的程序，采用優(yōu)化的冷凍干燥過程，生產(chǎn)出高質(zhì)量的藥品和食品；并可達(dá)到縮短生產(chǎn)時間、節(jié)約能耗、降低成本的目的。

　　小型凍干機的整個凍干過程中進(jìn)行著熱量質(zhì)量的傳遞現(xiàn)象。熱量的傳遞貫穿冷凍干燥的全過程中。預(yù)凍階段、干燥的階段和第二階段以及化霜階段均進(jìn)行著熱量的傳遞；質(zhì)量的傳遞僅在干燥階段進(jìn)行，凍干箱制品中產(chǎn)生的水蒸汽到冷凝器內(nèi)凝華成冰霜的過程，實際上也是質(zhì)量傳遞的過程，只有發(fā)生了質(zhì)量的傳遞產(chǎn)品才能獲得干燥。在干燥階段，熱的傳遞是為了促進(jìn)質(zhì)的傳遞，改善熱的傳遞也能改善質(zhì)的傳遞。

　　影響小型凍干機干燥過程及其凍干質(zhì)量的因素，也就是一條理想的凍干曲線要受到諸如物料性質(zhì)、濃度、升華面積、共晶點、熱傳導(dǎo)介質(zhì)和方式、設(shè)備性能等因素的制約，但主要因素有：

　　1.物料厚度直接影響物料的干燥時間，因為物料厚度越大，其傳熱傳質(zhì)的阻力越大，物料內(nèi)部的水分就越難向外傳遞，所以干燥時間也就越長。

　　2.預(yù)凍溫度和維持時間若預(yù)凍沒有凍好或凍結(jié)不實，在進(jìn)入階段升華干燥時，物料可能出現(xiàn)“沸騰”現(xiàn)象，或凍干后制品表面凹凸不平，影響外觀；如果冷的過低，則浪費了能源和時間。預(yù)凍所需的時間要根據(jù)不同的具體條件來確定。但總的原則是，應(yīng)使制品的各部分*凍實。

　　3.升華界面的溫度(或供熱量)和水蒸汽逸出制品的能力前者主要由隔板的溫度和干燥箱的壓力(真空度)所決定，而后者主要由升華界面的溫度(對應(yīng)的水蒸汽飽和壓力)和箱內(nèi)的水蒸汽分壓所決定。